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無菌室一般為4 — 5 平方米、高 2.5 米的獨立小房間(與外間隔離),實驗室裝修設計專辟于微生物實驗室內,可以用板材和玻璃建造。無菌室外要設一個緩沖間,錯開門向,以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉、室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環境和無菌材料后,只有保持無菌狀態,才能對某種特定的已知微生物進行研究。